Bila ukuran abses ginjal di bawah 3 cm, penanganannya dapat diberikan melalui suntikan obat antibiotik.Sementara penderita abses ginjal yang mengalami gejala gangguan aliran darah atau memiliki abses berukuran 3 cm atau lebih, dokter akan melakukan prosedur medis berupa drainase perkutan atau tindakan operasi.