Proctalgia fugax memiliki gejala yang mirip dengan kondisi medis lainnya seperti wasir, abses anus, atau anus robek. Sehingga diagnosis penyakit tersebut harus disingkirkan sebelum mendiagnosis proctalgia fugax.Diagnosis proctalgia fugax dilakukan dengan pemeriksaan medis menyeluruh, termasuk memeriksa anus dan genital. Pemeriksaan dengan tes darah dan tes endoskopi mungkin dilakukan untuk melihat lapisan usus.